Фамилия Меркин образована от прозвища Мерка, а оно, в свою очередь, — от нарицательного «мерка». В старину этим словом называли любой предмет, служивший эталоном при измерении: от деревянной палки для замера ткани до емкости для зерна. Поэтому первым носителем прозвища вполне мог быть портной, отмерявший сукно, или землемер, шагавший с веревкой по полю. Слово «мерка» в этом значении встречается в документах с XVI века.

Прозвище Мерка могло закрепиться и за человеком прижимистым, расчетливым, который «мерит» каждый шаг и каждую копейку. В говорах встречается и глагол «меркать» — думать, соображать, так что основа фамилии допускает и версию о сметливом, рассудительном предке.

Морфологически фамилия проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Меркин — это «сын Мерки». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а, и широко распространена в северных и центральных русских говорах. Родственные фамилии — Мерков, Меркушин, Меркулов — образованы от разных форм того же корня, но Меркин сохранил самую краткую и древнюю основу.

В официальных бумагах фамилия фиксируется поздно, в основном в переписях XIX века, когда крестьяне и мещане получили обязательные фамилии. До этого прозвище Мерка жило в устной речи, переходя от отца к сыну без письменного закрепления. Сословной привязки у фамилии нет: Меркины встречались и среди крестьян, и среди городских ремесленников.

В современном написании фамилия не менялась: ударение падает на первый слог, а конечное -ин не редуцируется. Это делает ее устойчивой к искажениям при переписи документов, хотя в XIX веке писари иногда путали ее с Меркуловым или Мерковым.