Фамилия Мерковская принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от географических названий. Суффикс -ск- указывает на связь с местностью: такую фамилию мог получить человек, владевший землёй в селе Мерково или Мерки, либо выходец из этих мест. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто возникали от имени или прозвища отца, «географическая» модель -ский/-ская была типична для дворянства и духовенства, но со временем распространилась и среди крестьян, особенно после отмены крепостного права, когда целые семьи записывали по названию деревни.

Основа фамилии — Мерк-. Это могло быть прозвище Мерка, которое в русских говорах означало человека маленького роста или незначительного («мерка» — единица измерения, нечто малое). Однако вероятнее, что топоним Мерково образован от имени Меркул или Меркурий: в просторечии эти редкие крестильные имена нередко сокращали до Мерк. В таком случае фамилия восходит к имени святого Меркурия Кесарийского, почитаемого в православии.

Женская форма Мерковская указывает, что носительница — потомок мужчины с фамилией Мерковский. Мужской вариант Мерковский встречается реже, чем Мерков, и имеет более выраженную «шляхетскую» окраску: на территориях бывшей Речи Посполитой (Белоруссия, Украина, Смоленщина) фамилии на -ский часто получали мелкие дворяне, владевшие одноимёнными хуторами. Если предки были из этих земель, фамилия могла закрепиться за целым родом ещё в XVII–XVIII веках.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о локальном происхождении: вероятно, все Мерковские — потомки жителей одной или нескольких соседних деревень. В современной России фамилия фиксируется преимущественно в центральных регионах, а также на юге — в Краснодарском крае и Ростовской области, куда переселенцы из центральных губерний принесли её в XIX–XX веках.