Фамилия Мерковский — типичный пример польской модели образования фамилий на -ский, которая в XVI–XVII веках распространилась и на восточнославянских землях. Основа здесь — топоним Мерково или Мерков. В Польше, Беларуси и на западе России есть несколько деревень и урочищ с таким названием. Значит, первый носитель фамилии, скорее всего, получил её по названию места, откуда был родом или где владел землёй: «пан из Меркова» или «человек из Меркова».

Корень «Мерк-» неоднозначен. Проще всего связать его с личным именем Меркул (латинское Mercurius — римский бог торговли), которое в народной форме звучало как Меркул, Мерко. В таком случае Мерковский — потомок человека по имени Мерко. Но есть и другая версия: в древненовгородских говорах «мерк» означало «морок, мрак, туман» — прозвище могли дать угрюмому или нелюдимому человеку. Правда, для фамилии на -ский топонимическое объяснение надёжнее и встречается чаще.

По сословной принадлежности Мерковские — почти наверняка шляхта или, как минимум, выходцы из служилых людей. Суффикс -ский в старой Речи Посполитой был маркером дворянского происхождения, хотя со временем его переняли и крестьяне, и мещане, особенно при переходе в православие. В Российской империи такие фамилии нередко получали священники и семинаристы — им меняли фамилию на «благородный» лад при поступлении в духовное училище. Но для Мерковского эта версия менее вероятна: фамилия слишком плотно привязана к конкретному топониму, а не к церковному календарю.

В написании фамилии возможны варианты: Мерковский, Мерковски (если носитель — поляк), реже Мерковской (устаревшая форма в русском языке). Ударение обычно падает на второй слог: МеркОвский. Встречается фамилия преимущественно в западных регионах — на территории современной Беларуси, в Польше, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.