Фамилия Мееркова — женская форма, а её мужской вариант — Меерков. Сразу бросается в глаза, что здесь нет самого распространённого суффикса -ов или -ин в чистом виде. Основа «Меерк» выглядит как уменьшительная или прозвищная форма. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от имени или прозвища через суффикс -к-, который в русских фамилиях часто указывает на ласкательное или уменьшительное значение (сравните: Ивашка → Ивашков, Петька → Петьков). Здесь то же самое: Меерк — это, вероятно, уменьшительное от какого-то полного имени.

Какое именно имя легло в основу? Самое очевидное — еврейское мужское имя Меер (Meir), которое означает «светящийся», «просветлённый». Это имя широко распространено среди ашкеназских евреев. В Российской империи, особенно в черте оседлости, фамилии на -ов/-ев часто образовывали от имён: Меер → Мееров, а уменьшительная форма Меерка → Меерков. Таким образом, Меерков — это «сын Меерки», то есть сын человека, которого в быту звали ласкательно Мееркой.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах слово «меерка» могло быть искажением или диалектным вариантом слова «мерка» (единица измерения, или же прозвище аккуратного, «меряющего» человека). Но в таком случае фамилия писалась бы скорее как Мерков или Меркин, а форма с двумя «е» (Меерков) почти наверняка указывает на еврейское происхождение от имени Меер.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — территории современной Беларуси, Украины, Литвы и Польши. Встречается и в центральной России, но значительно реже. Сословно носители фамилии чаще всего были мещанами или купцами, реже — крестьянами, так как в еврейской среде фамилии активно закреплялись в XIX веке после указа 1804 года об обязательных фамилиях для еврейского населения.