Фамилия Мерькова — женская форма от Мерьков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Перед нами модель на -ов, самая распространённая в русских фамилиях, но основа «Мерьк» — редкая и неочевидная. Она явно происходит от прозвища или имени Мерько, которое в свою очередь образовано от личного имени Меркурий. В народной речи церковное имя Меркурий (от латинского «торговец», «купец») сокращали до Меркул, Меркуша, а в некоторых говорах — до Мерька. Суффикс -к- в таких прозвищах указывал на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму, так что Мерько — это «маленький Меркурий» или просто «Меркурий по-свойски». Таким образом, предок носительницы фамилии мог зваться в миру не полным именем, а домашним Мерько, и его дети стали Мерьковыми.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований. В северных и вятских говорах слово «мерька» могло означать «мера», «мерка» — например, для зерна или ткани. Прозвище Мерька давали либо человеку, который отвечал за обмер товара (мерщику на базаре), либо тому, кто отличался скупостью и отмеривал всё до грамма. Однако такая гипотеза слабее: в русских фамилиях на -ов редко используют нарицательные существительные с суффиксом -к- в качестве основы, если только это не прозвище, закрепившееся в одном роду. Первая версия — от канонического имени — надёжнее, потому что укладывается в массовую модель образования русских фамилий из крестильных имён.

Географически фамилия Мерькова встречается нечасто, но её очаги прослеживаются в Поволжье и на Урале — регионах, где имя Меркурий было популярно у старообрядцев и простых крестьян. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян Мерьковых в Пермской и Вятской губерниях, что подтверждает связь с именем, а не с ремеслом. Сословно это почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия: дворяне с таким окончанием редки, а церковнослужители предпочитали формы на -ский.

Ударение в фамилии плавающее: в центральных говорах чаще МерькОва, на севере — МЕрькова. В современном русском языке закрепился второй вариант, но в семейном кругу потомки могут произносить по-своему. Фамилия однокоренная с Меркуловым, Меркушевым, Меркурьевым — все они восходят к тому же Меркурию, но Мерькова стоит особняком из-за нестандартного стяжения основы.