Фамилия Меркун звучит коротко и цепко, и за этой простотой скрывается сразу две возможные истории происхождения. Обе они ведут в украинскую народную речь, но смыслы у них разные, почти противоположные.

Первая версия отталкивается от глагола «меркати». В украинском языке это слово означало «пробегать перед глазами, маячить». Так в народе могли прозвать человека, который везде успевал, двигался быстро и ловко, был проворным и непоседливым. Прозвище Меркун в этом случае закреплялось за тем, кто постоянно мелькал перед глазами, как живой и быстрый. Это объяснение простое и живое: оно рисует образ энергичного, шустрого человека.

Вторая версия уводит в другую сторону. Она связывает основу с глаголом «меркти» — «тускнеть, терять силу, ослабляться». На первый взгляд странно, зачем называть человека таким словом. Но здесь работает древняя народная логика оберега. Родители, желая младенцу здоровья и долгой жизни, могли наречь его Меркуном, как бы отводя от него болезни и слабость. Считалось, что имя со значением увядания защитит ребенка, и он вырастет сильным и крепким вопреки своему имени. В этой версии фамилия несет не описание человека, а пожелание его будущей судьбы.

Какую из версий считать основной? Первая выглядит правдоподобнее. Прозвища в народе чаще давали по внешним чертам или поведению, а не по абстрактным пожеланиям. Глагол «меркати» с его значением мелькания и быстрого движения хорошо ложится на характер прозвища, которое потом закрепилось за родом. Версия с «меркти» более книжная, она требует допущений о родительском заговоре, что возможно, но менее типично для массового образования фамилий.

Сама форма Меркун типична для украинских прозвищных фамилий. Суффикс -ун активно использовался для образования названий людей по их действию или характерной черте: молчун, бегун, говорун. Меркун в этом ряду означает «тот, кто меркает», то есть мельтешит, снует. Такая модель делала фамилию естественной и понятной для носителей говора.

Встречается фамилия преимущественно на украинских землях, а также у потомков выходцев из этих регионов. В России ее можно найти среди людей с украинскими корнями, но она не относится к числу частотных. Это редкая, но выразительная фамилия, которая сохранила в себе отголосок живого народного слова.