Фамилия Меркунина — женская форма от Меркунин, а тот, в свою очередь, образован от имени или прозвища Меркуня. Основа здесь — каноническое крестильное имя Меркурий. В святцах оно восходит к латинскому Mercurius — имени древнеримского бога торговли, покровителя путешественников. В русской народной традиции это имя часто переделывали: усекали, добавляли уменьшительные суффиксы. Так появились просторечные формы Меркул, Меркуша и, наконец, Меркуня — с типичным для разговорной речи окончанием на -я. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Меркунин буквально значило «сын Меркуни» или «человек из рода Меркуни».

Модель образования простая и распространённая: от краткого варианта имени через притяжательное прилагательное. Таких фамилий в России тысячи — Иванов, Петров, Сидоров, но Меркунин встречается реже. Причина в том, что само имя Меркурий никогда не было таким массовым, как Иван или Пётр. В святцах оно присутствовало, но в народе его давали нечасто, возможно, из-за «языческого» оттенка — имя бога-торговца в христианском быту приживалось хуже. Тем не менее, в некоторых регионах, особенно на Русском Севере и в Поволжье, фамилии от Меркурия встречаются: Меркулов, Меркурьев, Меркушин — и Меркунин стоит в этом ряду.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии Меркунин (и Меркунина) скорее всего были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — в родословных книгах её нет. Это фамилия «низовая», бытовая: её давали по отцу в сельской общине или в слободе. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Мерку́нина, хотя в некоторых говорах могли ставить на последний.

Интересно, что фамилия Меркунина могла возникнуть и как матроним — то есть по матери, если женщина носила прозвище Меркуня. В русской традиции женские прозвища на -я иногда переходили в фамилию напрямую, особенно если отец был неизвестен или мать играла главную роль в хозяйстве. Но это версия менее вероятная: в подавляющем большинстве случаев -ин в фамилии указывает на отчество.