Фамилия Маракуева — женская форма от Маракуев, и её разбор стоит начать не с корня, а с редкого суффикса -уев. В русских фамилиях суффикс -ев (под ударением или без) встречается часто, но основа на -уй, давшая -уев, встречается намного реже, чем на -а, -я или согласный. Это сразу указывает на то, что прозвище или имя, от которого пошла фамилия, звучало как Маракуй.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища Маракуй, связанного с глаголом «мараковать». В северных и центральных говорах это слово означало «соображать, смекать, разбираться в чём-то», но часто с оттенком неуверенности: «маракует помаленьку». Прозвище могли дать человеку неглупому, но не блещущему знаниями, либо, наоборот, тому, кто любил рассуждать и давать советы. В словаре Владимира Даля «мараковать» зафиксировано именно в этом значении, и фамилия Маракуев органично вписывается в ряд подобных прозвищных фамилий: Думаев, Смекаев, Гадаев.

Менее распространённая версия — связь с диалектным словом «маракуй» (или «маракуша») в значении «растение маракуйя». Но это маловероятно: экзотический фрукт попал в русский язык и быт значительно позже, чем сформировались фамилии (основной массив русских фамилий сложился к XVII–XVIII векам). Поэтому версия с «мараковать» — основная и единственная серьёзная.

Географически фамилия Маракуев (и Маракуева) тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает связь с северорусскими говорами, где глагол «мараковать» был особенно употребителен.

С точки зрения словообразования, фамилия Маракуев — типичная патронимическая (по отцу) или прозвищная модель: к основе Маракуй добавили суффикс принадлежности -ев, означающий «сын Маракуя» или «из семьи Маракуевых». В документах XVII–XVIII веков можно было встретить крестьянина Маракуйку или Маракуя, а его детей уже записывали Маракуевыми.

В отличие от фамилий на -ин (сын Мары), модель на -ев здесь не от имени, а именно от прозвища, потому что канонического имени Маракуй не существует. Это роднит фамилию с такими же прозвищными, как Коряков, Балагуров, Шумеев.

Если ваши предки носили фамилию Маракуева, скорее всего, они были крестьянами или посадскими людьми из северных или центральных губерний, а их родоначальник получил прозвище за характерную манеру «мараковать» — то есть смекать, но не спеша, с толком.