Фамилия Маракулин образована от прозвища Маракуля. Это прозвище восходит к слову «мараковать» либо «марать». В старину «мараковать» означало как «плохо понимать», так и «уметь, мочь что-то делать». Соответственно, Маракулей могли прозвать человека, у которого были проблемы с усвоением новой информации, либо, наоборот, человека с практической смёткой, либо же того, кто не отличался опрятностью. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Маракуля, со временем получил фамилию Маракулин.