Фамилия Маракулин — типичный пример русской фамилии, образованной от личного прозвища. Её основа — прозвище Маракуля, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Маракули. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных землях Руси, где фамилии на -ин часто вытесняли более южные формы на -ов.

Корень прозвища спорен, и в этом его ценность. Самая вероятная версия отсылает к глаголу «мараковать», у которого в старину было два противоположных значения. Первое — «плохо понимать, соображать с трудом». Второе — «уметь, мочь, быть сметливым». Слово жило в народной речи: «Он в этом деле маракует» говорили о человеке с практической хваткой. Таким образом, Маракулей могли прозвать как тугодума, так и, наоборот, того, кто «схватывал на лету» в крестьянском быту.

Другая возможная основа — глагол «марать». В этом случае прозвище Маракуля получал неопрятный человек, пачкун. Эта версия проще, но лингвистически менее убедительна: суффикс -ул(я) в русских прозвищах чаще образуется от глаголов со значением действия или состояния («вертуля», «копуля», «кривляка»), а «марать» даёт скорее «марака» или «маральщик».

Фамилия Маракулин — редкий случай, когда одно и то же прозвище могло нести прямо противоположную характеристику. Это не ошибка языка, а его особенность: в диалектах одно слово нередко совмещало взаимоисключающие смыслы. Точное место возникновения фамилии неизвестно, но по модели образования она тяготеет к северорусским говорам, где фамилии на -ин особенно часты. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах позднего заселения, куда фамилия попала вместе с миграцией крестьян в XVII–XVIII веках.