Фамилия Маракулина образована от прозвища Маракуля. В основе этого прозвища лежит старинный глагол «мараковать», который в русских говорах имел два противоположных значения. Первое — «плохо понимать, с трудом соображать» (отсюда, кстати, современное просторечное «маракую» в смысле «кое-как разбираюсь»). Второе, менее известное, — «уметь, мочь, обладать сноровкой». Поэтому прозвище Маракуля могло достаться как человеку нерасторопному или тугодуму, так и, наоборот, практичному умельцу. Наконец, возможна связь и с глаголом «марать» — в этом случае Маракулей называли неряху или того, кто пачкает одежду и вещи.

Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Маракулин, то есть сын, внук или потомок Маракули. Окончание -а в современной фамилии (Маракулина) — это женская форма, которая в быту закрепилась за женщинами, а исторически мужская ветвь носила фамилию Маракулин.

Поскольку прозвище Маракуля было распространено в северных и центральных губерниях России, фамилия Маракулина встречается преимущественно в этих регионах. Встречаются и однокоренные фамилии — Мараков, Маракушин, Мараксин, образованные от тех же диалектных корней.