Фамилия Маркаулис — редкая для русской среды, и её происхождение почти наверняка не славянское. В русском языке нет продуктивной модели с окончанием «-улис»: наши типичные фамильные суффиксы — это -ов/-ев, -ин, -ский, -ич. Поэтому Маркаулис — это прозрачная литовская фамилия, образованная от имени Маркас (литовский вариант христианского имени Марк) с помощью патронимического суффикса -улис. В литовской антропонимике суффикс -ulis (женская форма -ulė) образует уменьшительные или семейные прозвища, часто с оттенком «сын такого-то» или «потомок». То есть Маркаулис буквально значит «сын Маркаса» или «маленький Маркас».

Географически фамилия тяготеет к Литве и историческим землям Великого княжества Литовского, включая современные западные области Беларуси и восточную Польшу. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии могли фиксироваться у литовцев, поляков или белорусов-католиков, чьи предки носили литовские имена. Встречается также вариант написания Маркаулис (с одной «а» и ударением на втором слоге), но в литовском языке ударение подвижно, и точное место ударения в фамилии зависит от диалекта.

Сословно фамилия не маркирована: её могли носить и крестьяне, и мещане. В метрических книгах католических приходов Северо-Западного края Российской империи (например, Ковенской или Виленской губерний) Маркаулисы встречаются как прихожане костёлов. Никакой связи с греческим «маркаулис» (от греч. «марка» — знак) или с тюркскими корнями нет — это чисто литовская словообразовательная модель, родственная фамилиям вроде Баранаулис, Юргаулис или Раманаулис.

Если ваши предки носили эту фамилию и жили на территории современной России, скорее всего, они переселились из Литвы или Беларуси в ходе миграций конца XIX — начала XX века, возможно, после отмены крепостного права или в период столыпинской аграрной реформы. В советских паспортных столах фамилию могли записать в русифицированном виде — Маркаулис (без изменений, так как окончание не склонялось по русским правилам), но в литовском оригинале она склоняется по падежам.