Фамилия Маркутис звучит не по-русски, и это подсказка, с которой стоит начать. Она образована по литовской модели: суффикс -ис (-is) — один из самых распространённых в литовских фамилиях, указывающий на мужской род. Если бы фамилию носила женщина, она звучала бы как Маркутене (замужняя) или Маркутите (девичья). Основа здесь — Маркут-, и она ведёт нас к имени Маркус — литовской форме христианского имени Марк.

В Литве имя Марк (lot. Marcus) прижилось через польское и немецкое влияние, но в народной речи давало множество уменьшительных форм. Маркутис — это как раз патроним, то есть «сын (или потомок) Маркуса». Суффикс -ут- (-utis) в литовской антропонимии часто выполнял роль уменьшительно-ласкательного, так что буквально Маркутис можно перевести как «Маркушка» или «маленький Марк». Со временем такое прозвище закрепилось за детьми и внуками, превратившись в наследственную фамилию.

Географически фамилия Маркутис почти наверняка происходит из Литвы или из исторических земель Великого княжества Литовского, которые охватывали часть современной Беларуси и востока Польши. В России эта фамилия редка и встречается в основном у потомков литовцев, переселившихся в XIX–XX веках, либо у людей, чьи предки жили на западных окраинах империи. В самой Литве фамилия Маркутис не входит в число самых частых, но и не является уникальной — она равномерно разбросана по всей стране, без яркой привязки к одному региону.

Интересная деталь: в литовском языке ударение в фамилии может падать на первый или на второй слог в зависимости от диалекта. В стандартном литовском произношении ударение чаще ставят на первый слог — Ма́ркутис. Но в русской передаче, особенно если фамилия давно обрусела, ударение иногда смещается на второй — Марку́тис. Это обычная история для фамилий балтского происхождения, попавших в русскую среду: язык подстраивает чужую ритмику под свои привычки.

Сословно Маркутисы, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками. В Литве фамилии на -ис в массе своей принадлежали простым людям, шляхта чаще использовала окончания -ский или -ич. Поэтому владельца этой фамилии в XVI–XVII веках стоит представлять как литовского хлебороба или городского мастерового, которого в церковных книгах записали по отцу — «Маркусов сын». Ничего особо героического, но за этим стоит живая история балтского крестьянства, которое веками носило такие имена, не помышляя о дворянских грамотах.