Фамилия Маркутин — хороший пример того, как простое на первый взгляд прозвище превращается в устойчивую родовую фамилию. Её основа — уменьшительная форма крестильного имени Марк. В русской народной среде имя Марк, пришедшее из латыни (Marcus — «молоток» или «посвящённый богу Марсу»), часто получало обиходные варианты: Маркута, Маркуша, Маркуня. От формы Маркута с помощью типичного для русского севера и центра суффикса -ин и образовалась фамилия Маркутин. Суффикс -ин указывал на принадлежность: «чей сын?» — Маркутин, то есть сын Маркуты.

Интересно, что суффикс -ут(а) в прозвищах был довольно редким и характерен для северных и сибирских говоров. Он придавал имени оттенок ласкательности или, наоборот, некоторой простонародности. В отличие от более частого -ушк(а) (Маркушка), форма Маркута звучала более грубовато, по-мужицки. Поэтому предки Маркутиных — скорее всего, не бояре и не духовенство, а крестьяне или посадские люди, которых в быту звали не по полному имени, а по уличному прозвищу.

В документах фамилия встречается с XVII века. Например, в переписных книгах Вятки и Перми Великой фиксируются крестьяне Маркутины. Это подтверждает географическую привязку: основная зона бытования фамилии — северо-восток европейской России и Приуралье. В центральных областях (Москва, Тула) Маркутины встречаются реже, что говорит о локальном происхождении.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с однокоренными Марков, Маркин, Маркушев, но отличается именно суффиксом -утин. Если Марков — прямая отсылка к полному имени Марк, а Маркин — от Марка или Марки (женской формы), то Маркутин — от более архаичного, диалектного прозвища. Эта деталь позволяет предположить, что носители фамилии происходят из мест, где сохранялись старые формы народной речи.

Никакой связи с латинским корнем «маркут» (как «торговец» или «знак») в русской ономастике не прослеживается. Версия о происхождении от тюркского «маркут» (как вид птицы или титул) — маловероятна, так как фамилия имеет чёткую славянскую модель с суффиксом -ин и христианскую основу. Таким образом, Маркутин — это типичная «отчество от прозвища», указывающая на предка по имени Маркута, жившего, скорее всего, на севере или в Прикамье.