Фамилия Маршутин образована от прозвища или имени Маршута через типичный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей-то сын» или «чей-то потомок». Основа Маршута — это разговорная, народная форма крестильного имени Марк или Маркелл. В русской традиции имена часто укорачивали и добавляли суффиксы субъективной оценки: Марк превращался в Маршу, а затем в Маршуту, где -ут- — характерный для северных и центральных говоров суффикс, придающий имени оттенок ласкательности или просторечности (сравните: Ванюта, Петрута).

Версия о происхождении от прозвища Маршута, связанного с глаголом «маршировать» или словом «марш», маловероятна. Во-первых, эти слова вошли в русский язык поздно, в петровскую эпоху, а фамилии на -ин в основной массе сформировались раньше, в XV–XVII веках. Во-вторых, для военных прозвищ чаще использовали другие суффиксы, например -ов (Маршов).

Географически фамилия Маршутин встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это косвенно подтверждает связь с народной формой имени, так как именно в этих регионах долго сохранялись архаичные суффиксы в личных именах. Встречаются также варианты написания: Маршутинов, но это более поздняя и редкая форма, возникшая под влиянием канцелярской записи.

Сословно предки Маршутиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ин от имен на -ута типичны для непривилегированных слоёв, в отличие от дворянских фамилий на -ский или -ов, часто связанных с географическими названиями. В переписных книгах XVII века можно найти упоминания крестьян Маршуток в станах под Вологдой, что прямо указывает на бытование такого имени в среде земледельцев. Таким образом, фамилия Маршутин — это отчество от домашнего, уличного имени, которое носил основатель рода, простой человек, названный в честь святого Марка или Маркелла в народной, сокращённой форме.