Фамилия Марфутин говорит о происхождении от женского имени Марфа. Это довольно редкий случай: большинство русских фамилий образовано от мужских имён (Иванов, Петров, Сидоров). Здесь же в основе лежит имя Марфа, древнееврейского происхождения, означающее «госпожа» или «хозяйка». Фамилию дали не по отцу, а по матери — такое явление в ономастике называют метронимическим. Оно встречалось, если женщина играла в семье главную роль, была вдовой или имела особый статус, либо если мужское имя в роду было неблагозвучным или повторялось слишком часто.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Марфутин — это «чей?» — сын Марфуты. А вот форма Марфута — это неканонический, уменьшительно-ласкательный вариант имени Марфа. Такие «народные» переделки церковных имён были обычны в крестьянской среде: Марфа превращалась в Марфутку, Марфушу, Марфуту. Суффикс -ут(а) в русских именах (как в Аннута, Ванюта) придавал оттенок просторечной ласки, поэтому Марфутин — это буквально «сынок Марфуты», то есть матери по имени Марфа.

Географически фамилия Марфутин привязана к центральным и северным регионам России. По данным переписей и архивов, наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в Костромской, Вологодской и Кировской областях. Это зона бытования так называемых «северорусских» фамилий на -ин, где метронимические фамилии встречаются чаще, чем на юге. Сословно предки Марфутиных — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, реже — мещане. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» не числится.

Интересно, что фамилия Марфутин — не единственная в этом гнезде. Рядом стоят Марфин, Марфунин, Марфуткин. Все они образованы от одного корня, но разными суффиксами. Марфутин отличается именно суффиксом -ут-, который в русских фамилиях встречается нечасто (сравните: Ватутин, Козутин). Это делает фамилию более редкой и узнаваемой, чем, скажем, распространённый Марфин. Если ваш предок носил такую фамилию, он почти наверняка происходил из семьи, где мать звали Марфой, и эта фамилия закрепилась за её детьми как родовое прозвание.