Фамилия Марфуткина — один из тех случаев, когда женская форма на -а прочно закрепилась в обиходе, но её основа мужская, Марфуткин. Искать предка-женщину тут не стоит: фамилия образована от мужского прозвища или имени Марфутка, а то, в свою очередь, — от канонического имени Марфа. В русской традиции имя Марфа (из арамейского «госпожа, хозяйка») было нередким, особенно в крестьянской и купеческой среде. Уменьшительная форма Марфутка — ласковая, почти домашняя: так могли звать и самого мужчину (редкий, но возможный вариант: Марфа как женское имя, а Марфутка — прозвище мужчины, например, сына Марфы, или же человека, чем-то напоминавшего эту библейскую женщину).

Суффикс -ин в фамилии Марфуткин указывает на принадлежность: «чей?» — Марфуткин, то есть сын или потомок Марфутки. Это типичная модель для русских фамилий центральных и северных губерний, где -ин так же част, как -ов. Интересно, что основа здесь — не полное имя, а именно уменьшительное, что говорит о неформальном, бытовом происхождении: фамилию дали не по святцам, а по тому, как человека звали в деревне.

Географически фамилия Марфуткина встречается в основном в центральной России, особенно в Тверской, Ярославской и Владимирской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает её «низовое» происхождение: в дворянской среде такие фамилии на -ин от уменьшительных форм встречались реже. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а прозвище Марфутка могло закрепиться за человеком, который служил в хозяйстве у Марфы или отличался домовитостью, хозяйственностью — качествами, приписываемыми этой святой.

В ономастических трудах фамилию Марфуткина отдельно не разбирают, но она входит в обширное гнездо производных от Марфы (Марфин, Марфунин, Марфуткин). По сравнению, скажем, с фамилией Марфин, Марфуткина звучит более «домашно» и реже встречается, что делает её хорошим маркером именно семейного, а не официального прозвища. Если ваш предок носил такую фамилию, он почти наверняка был из крестьянской среды, и его родовая память уходит в XVII–XVIII века, когда такие формы стали закрепляться как наследственные.

Спорных версий у этой фамилии немного. Единственная альтернатива — связь с диалектным словом «марфутка» в значении «неуклюжая женщина» или «растрёпа» (в некоторых говорах), но это маловероятно: фамилии от прозвищ с явно негативной окраской выживали реже, а Марфуткина — довольно благозвучная и устойчивая. Так что основная, «именная», версия остаётся основной.