Фамилия Марфутенко ведет свое начало от крестильного женского имени Марфа, которое в переводе с древнееврейского означает «владычица». В основе же фамилии лежит просторечная форма этого имени — Марфута. На Руси имя считалось очень распространенным, но в основном среди простого народа. Однако в высших кругах это имя никогда не пользовалось популярностью. Поэтому можно предположить, что фамилия Марфутенко содержит указание на время рождения основателя рода. В результате, потомок женщины, обладающей именем Марфута, со временем получил фамилию Марфутенко.