Фамилия Марфутенко образована от женского крестильного имени Марфа, что с древнееврейского переводится как «владычица». Но напрямую к церковной форме фамилия не восходит — в её основе лежит просторечный вариант Марфута, который в старину использовали в повседневной речи чаще, чем строгое книжное имя.

Обратим внимание на суффикс -енко. В украинской и южнорусской традиции он указывал на потомка: Марфутенко — буквально «сын Марфуты» или, точнее, «ребёнок той, кого звали Марфутой». Такая модель была типична для семей, где родство отсчитывали по матери, особенно если она играла главную роль в хозяйстве или рано овдовела. Впрочем, нередко подобные фамилии закреплялись за детьми, которых воспитывала бабушка или старшая женщина рода.

Имя Марфа на Руси знали хорошо, но любили его в основном в крестьянской и посадской среде. В дворянских кругах оно не прижилось — слишком простонародным считалось. Поэтому фамилия Марфутенко — верный признак незнатного происхождения предков. Любопытно, что сам факт использования уменьшительной формы Марфута говорит о тёплом, домашнем отношении к носительнице имени: так звали женщину в кругу семьи и соседей, а уже от этого обиходного прозвища пошла фамилия.

Отдельно стоит сказать о времени возникновения. Поскольку в основе лежит не каноническое, а разговорное имя, фамилия вряд ли могла сформироваться раньше XVII–XVIII веков — именно тогда на Украине и юге России массово закреплялись фамилии на -енко. Следовательно, род Марфутенко — сравнительно поздний, и его история укладывается в несколько последних столетий.

Встречается фамилия преимущественно в областях, исторически связанных с украинским влиянием: на Черниговщине, Полтавщине, в Курской и Воронежской губерниях. Позже носители фамилии расселились по всей России и в странах ближнего зарубежья, но региональный след в ней читается до сих пор — и по суффиксу, и по корню.