Фамилия Марфуткин образована от просторечной формы женского крестильного имени Марфа — Марфутка. Такие «уменьшительные» имена в быту полностью заменяли полное церковное имя, и именно от них чаще всего и возникали фамилии. Если разобрать слово по составу, то основа здесь — Марфутк-, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: Марфуткин буквально значит «сын (или потомок) Марфутки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от женских имён, когда отец или глава семьи назывался по имени матери или бабушки.

Само имя Марфа пришло из древнееврейского языка и означает «владычица», «госпожа». На Руси оно было очень распространено, но преимущественно в простонародной среде. В дворянских и высших кругах это имя не пользовалось популярностью, поэтому фамилия Марфуткин почти наверняка указывает на крестьянское или мещанское происхождение рода. Поскольку в основе лежит форма Марфутка, а не, скажем, Марфица или Марфуша, можно предположить, что фамилия закрепилась в конкретной местности, где была в ходу именно такая ласкательная форма.

Иногда в таких фамилиях видят указание на время рождения: мол, ребёнка назвали в честь святой Марфы, если он появился на свет около дня её памяти. Но это скорее побочное наблюдение, чем правило. Гораздо надёжнее вывод о социальной среде: фамилии от женских имён вообще чаще встречались у простого народа, где женщина могла играть заметную роль в хозяйстве, и её имя закреплялось за детьми. В итоге потомок женщины по имени Марфутка со временем и получил фамилию Марфуткин.