Фамилия Марфуткин ведет свое начало от крестильного женского имени Марфа, которое в переводе с древнееврейского означает «владычица». В основе же фамилии лежит просторечная форма этого имени — Марфутка. На Руси имя считалось очень распространенным, но в основном среди простого народа. Однако в высших кругах это имя никогда не пользовалось популярностью. Поэтому можно предположить, что фамилия Марфуткин содержит указание на время рождения основателя рода. В результате, потомок женщины, обладающей именем Марфутка, со временем получил фамилию Марфуткин.