Фамилия Марфута — редкий случай, когда фамилия образована напрямую от полной формы женского имени, а не от его уменьшительного варианта. В основе лежит каноническое имя Марфа (древнееврейское «госпожа»), но с характерным просторечным окончанием на -ута. В русских говорах, особенно южных и юго-западных, имя Марфа часто произносили как Марфута — точно так же, как Агафья превращалась в Агашуту, а Анна в Аннуту. Форма на -ута придавала имени оттенок ласкательности или, наоборот, бытовой простоты.

Фамилия построена по продуктивной, но не самой распространённой модели: имя Марфута + топонимический суффий -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность: «чей?» — Марфутин, то есть сын или потомок Марфуты. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от мужских имён, -ин охотно присоединялся и к женским основам, особенно если речь шла о вдове, матери-одиночке или женщине, чьё имя стало главным в семье. В данном случае фамилия могла закрепиться за сыном Марфуты, которого в документах записали по матери, — явление нередкое в крестьянской среде XVI–XVII веков, когда отчество ещё не было обязательным.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и Украине. Встречается в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также в Запорожье. Именно в этих краях имя Марфута бытовало как полноценная разговорная форма. В северных и центральных губерниях предпочтение отдавали вариантам Марфа или Марфушка, поэтому Марфутиных там почти нет.

С точки зрения социального происхождения — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия. Дворянство никогда не носило фамилий с таким просторечным суффиксом. Предки Марфутиных — скорее всего, однодворцы или государственные крестьяне, жившие на южных рубежах России.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с однокоренными Марфин, Марфенин, Марфуткин. Но Марфутин отличается тем, что в основе лежит не уменьшительное, а именно полное разговорное имя — редкая черта, которая делает фамилию ценной для ономастики: она сохранила живую народную форму, почти исчезнувшую из современного обихода.