Фамилия Маргута — редкий пример отыменной фамилии, образованной не через стандартные русские суффиксы -ов, -ин или -ский, а через украинский или белорусский уменьшительный суффикс -ут(а). Основа здесь — имя Марк или его народная форма Марко. Суффикс -ут(а) в восточнославянской антропонимии выполнял ту же роль, что и -к(о) или -ец: он превращал полное имя в ласкательное или обиходное прозвище. Маргута — это, по сути, «маленький Марк» или «Марк, которого ласково называют».

Такая модель образования характерна для западнорусских земель — современных Украины, Беларуси и приграничных областей России. В этих регионах фамилии на -ута, -юта, -ата встречаются гораздо чаще, чем в центральной или северной России. Сравните: Маргута стоит в одном ряду с фамилиями Кривута, Хомута, Грицута — все они образованы от личных имён (Кривой, Хома, Григорий) с тем же суффиксом. Таким образом, предок носителя фамилии Маргута, скорее всего, жил на территории современной Западной Украины, Западной Беларуси или в юго-западных губерниях Российской империи и был крестьянином или мещанином, которого в быту звали ласковым производным от церковного имени Марк.

Иногда фамилию пытаются связать с румынским словом «маргэ» (margă — «жемчуг»), но это маловероятно. Во-первых, суффикс -ута в румынском языке не является типичным для фамилий, а во-вторых, фонетика фамилии (ударение на второй слог, твёрдое «г») указывает на славянскую, а не романскую основу. Намного правдоподобнее версия с именем Марк: она объясняет и корень, и суффикс, и географию распространения.

В дореволюционных списках фамилия Маргута встречается спорадически, в основном в Киевской, Волынской и Минской губерниях. После революции и массовых миграций носители разошлись по всей территории СССР, но до сих пор фамилия остаётся довольно редкой. В современной России чаще всего её можно встретить в Краснодарском крае, Ростовской области и в Москве — в местах, куда активно переселялись украинцы и белорусы в XX веке.