Фамилия Маргутова — женская форма фамилии Маргутов, а та в свою очередь образована от прозвища или имени Маргут. Основа фамилии — нечастая, и её разбор удобно начать с суффикса. Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель: «чей?» — Маргутов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Маргут. Такая модель была самой массовой в центральной России и на севере.

Куда сложнее с корнем. Вероятнее всего, в основе лежит диалектное слово «маргут» или «моргут». В русских говорах, особенно в южных и западных областях, «маргутой» называли человека с плохим зрением, подслеповатого, того, кто щурится или моргает чаще обычного. Глагол «маргать» (моргать) известен в рязанских, курских, орловских говорах. Прозвище Маргут мог получить человек, который часто и быстро моргал, щурился от солнца или дыма — в крестьянской среде такие бытовые прозвища по внешнему признаку давали часто.

Есть и менее очевидная версия — от тюркского имени Маргут, которое могло попасть в русскую среду через татар или башкир. В некоторых тюркских языках «маргут» означает «жемчуг» или нечто дорогое, блестящее. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, фамилия Маргутов не имеет выраженной восточной географии, во-вторых, в русских переписных книгах XVII–XVIII веков чаще встречаются прозвища, образованные от местных диалектных слов, чем прямые заимствования имён.

Фамилия редкая. Если судить по современным данным, носители Маргутовых живут в основном в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях — как раз там, где бытовало слово «маргать». Это косвенно подтверждает первую, диалектную версию. Скорее всего, предок Маргутовых был крестьянином или ремесленником из южнорусских земель, которого окружающие запомнили по характерной привычке щуриться или моргать.