Фамилия Марута — редкий случай, когда ономастика предлагает две совершенно разные линии происхождения, и выбрать между ними не так просто. Первая, и самая очевидная, версия связывает фамилию с глаголом «марать». Прозвище Марута в этом случае давали человеку неопрятному, неряшливому, тому, кто постоянно пачкается или марает вещи. Модель образования здесь прозрачна: от основы глагола через суффикс -ут-, который в русских говорах встречается в прозвищах и именах (ср. Марута, Гулята, Крута). Эта версия бытовая и лежит на поверхности, но именно поэтому её стоит рассматривать всерьёз: прозвища по внешнему виду или поведению — один из самых частых источников русских фамилий.

Вторая версия отсылает нас к женскому имени Мария. В переводе с древнееврейского оно означает «любимая, желанная; госпожа». Однако фамилия Марута образована не от полной церковной формы, а от её просторечного, народного варианта — Марута. Такие уменьшительно-ласкательные или бытовые формы имён (Марута, Марюта, Манюта) были широко распространены в крестьянской среде. Если фамилия пошла от имени, то её родоначальником мог быть человек, которого в семье или в деревне называли Марутой — возможно, сын или внук женщины по имени Мария. В этом случае фамилия не указывает на внешность или ремесло, а фиксирует родство по матери или бабушке.

Какая из версий правдоподобнее? Спор здесь не заканчивается. В пользу «грязной» версии говорит то, что глагол «марать» и его производные (марака, маруха, марушка) дали жизнь целому гнезду фамилий — от Марова до Марухина. Фамилия Марута вписывается в этот ряд. Однако имя Мария — одно из самых частых женских имён у русских, и его народные формы тоже породили множество фамилий (Маринин, Марьин, Марусин). Сложность в том, что обе версии возможны, и без точного знания истории конкретного рода выбрать одну из них с уверенностью нельзя. Единственное, что можно сказать: фамилия Марута — не дворянская и не книжная, а народная, возникшая в среде простых людей, живших в центральных или южных русских губерниях, где суффикс -ут- встречался чаще.