Фамилия Марутаев — одна из тех, где прозрачность основы обманчива. На слух она кажется производной от имени или прозвища Марутай, но с этим корнем не всё однозначно. В русской ономастике фамилии на -аев обычно указывают на тюркское или восточное происхождение основы, и Марутаев — не исключение. Скорее всего, в её основе лежит диалектное или иноязычное прозвище, а не каноническое крестильное имя.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «марут», который в разных языках (татарском, башкирском, казахском) может означать «ветреный», «непостоянный», а иногда — «шалун» или «проказник». В таком случае Марутаем называли человека с живым, непоседливым характером. Менее распространённое, но допустимое объяснение — от арабского имени Марут (один из ангелов в исламской традиции, упоминаемый в Коране). Однако имя это редкое и в бытовых прозвищах встречается нечасто.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Марутаев буквально значит «сын Марутая» или «из рода Марутая». Фамилия могла оформиться в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья, где такие патронимы на -ев были обычны. В русских документах фамилия фиксируется с XVIII–XIX веков, преимущественно в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях.

Интересно, что фамилия Марутаев не имеет однозначных «двойников» в славянском мире — в отличие от, скажем, Мартынов или Марков. Это говорит о её чёткой региональной привязке: она оставалась локальной, не разошлась широко за пределы Урало-Поволжья. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего стоят Марутов (с той же основой, но с другим суффиксом) и Марута (без суффикса, как украинская или белорусская форма). Марутаевы же — это почти всегда потомки выходцев из тюркоязычной среды, принявших православие.

Встречается и вариант написания с одной «т» — Марутаев, но он не меняет сути. Носители фамилии сегодня живут не только в России, но и в Казахстане, Узбекистане, что подтверждает её восточные корни. Крестьянское или мещанское сословие — обычная социальная среда для этой фамилии, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.