Фамилия Марутаева — редкий случай, когда разбор лучше начинать не с корня, а с суффикса. Перед нами модель на -аев, которая в русских фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов/-ев. Суффикс -аев присоединяли к основам на -а или -я, и здесь он указывает на исходное имя или прозвище Марутай. Второй вариант — фамилия могла образоваться от имени Марута через притяжательное прилагательное (Марутин), но со временем, под влиянием местного говора или ошибок писцов, суффикс изменился на -аев. Такие замены фиксировали в южнорусских и украинских землях, где аканье или особенности произношения сбивали канцеляристов.

Основа Марут- восходит, скорее всего, к разговорной форме крестильного имени Марк или Марий. В народной среде имя Марк переделывали в Марко, а уменьшительные варианты звучали как Марута, Марутка. Суффикс -ута (как в Ванюта, Костюта) характерен для западнорусских и белорусских говоров и придавал имени оттенок ласкательности или просто фамильярности. Таким образом, Марутай — это человек, которого в семье или в деревне звали ласково Марутой, а фамилия закрепилась за его потомками.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: связь с диалектным словом «марута» — так в некоторых регионах называли мрачного, угрюмого человека или, наоборот, непоседу. Прозвища такого рода давали по характеру, и они легко становились основой фамилий. Однако для фамилии Марутаева эта гипотеза слаба: суффикс -ай в прозвищах (Марутай) обычно указывает на деятеля, а не на качество, и логичнее предположить, что прозвище означало «тот, кто марутит» — то есть делает что-то медленно или ворчит.

Географически фамилия тяготеет к югу России и к украинским землям. Встречается она редко, что косвенно подтверждает её происхождение от конкретного прозвища или уменьшительного имени, а не от массовой модели. Если предки Марутаевых были крестьянами или мещанами, то фамилия закрепилась за ними в пореформенное время, когда массово давали фамилии по отцу или деду. Сословный состав по этой фамилии не прослеживается из-за её малочисленности, но в дворянских родословных она не зафиксирована.

Итог: фамилия Марутаева образована от прозвища или уменьшительного имени Марутай (Марута) с помощью редкого суффикса -аев. Её носители — потомки человека, которого звали ласково или в шутку, и живут они преимущественно в южнорусских областях.