Фамилия Маршутина — женская форма, а мужская — Маршутин. Это типичная русская фамилия, образованная по модели «основа + -ин», что указывает на принадлежность: «чей?» — Маршутин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Маршута.

Корень здесь — «Марш-». Самая очевидная версия связывает его с именем Марш, которое могло быть народной, сокращённой формой от крестильного имени Марк или Маркелл. В русской традиции имена часто усекали и добавляли суффиксы субъективной оценки: Марк → Марша (как Саша от Александр), а от Марши с помощью суффикса -ут- (характерного для прозвищ) образовывали Маршута. Суффикс -ут- в древнерусских именах и прозвищах (вспомните Гулята, Живута) придавал оттенок ласкательности или просто указывал на лицо, названное по действию или признаку.

Есть и другая, менее вероятная, но возможная версия: от прозвища, связанного с глаголом «маршировать» или существительным «марш» (поход). Однако прозвища от военных терминов у крестьян и посадских людей, которые и составляли основную массу носителей фамилии, встречались редко. Чаще фамилии на -утин образовывали от имён или прозвищ с корнем, не связанным с заимствованной лексикой. Поэтому версия с именем Марк — самая правдоподобная и объясняет происхождение без натяжек.

Географически фамилия Маршутины встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. В этих краях суффикс -ут- в прозвищах был особенно распространён. Предки современных Маршутиных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а фамилия закрепилась за их потомками в XVII–XIX веках, когда оформлялись фамильные родовые имена.