Фамилия Макрутин довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит прозвище или диалектное слово, а не крестильное имя. Ключ к разгадке — корень «макр-», который в русских говорах имел несколько значений. Самое вероятное: «макрый» — то есть мокрый, сырой, отсыревший. В северных и сибирских диалектах так могли назвать человека неопрятного, постоянно промокшего, либо, наоборот, того, кто жил у воды, на болотистой низине. Менее распространённая версия связывает основу с «макрой» — так в некоторых областях называли вид рыбы или крупную лягушку. Тогда прозвище могло относиться к рыбаку или человеку с «лягушачьей» внешностью (например, с большими глазами или широким ртом).

Суффикс «-утин» в фамилии заслуживает отдельного внимания. Он не такой частый, как стандартные «-ов» или «-ин». В русской ономастике суффикс «-ут(а)» и производные от него формы («-утин») часто указывали на принадлежность к чему-то или на характерный признак с оттенком уменьшительности или пренебрежения. Сравните: «толстута» — толстяк, «горбута» — горбатый. То есть Макрутин — это буквально «сын Макруты» или «человек из рода Макруты». Само прозвище Макрута звучало как насмешливое, необидное именование мокрого, неуклюжего или просто медлительного человека.

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где диалектное слово «макрый» было в ходу. Встречается она в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, а также в Поволжье. В отличие от фамилий на «-ский», которые часто указывали на дворянское или духовное происхождение, Макрутин — типично крестьянская или посадская фамилия. Её носители, скорее всего, были вольными землепашцами, ремесленниками или, учитывая возможную «рыбную» версию, жителями приречных сёл, промышлявшими ловлей.

Если рассматривать фамилию в ряду однокоренных, то сразу бросается в глаза её отличие от более распространённых Мокроусов или Мокринский. Мокроусов образован от прозвища «Мокрые усы» — это бытовая, описательная фамилия. Макрутин же более архаична по форме: она сохранила древнюю основу с суффиксом «-ут-», что делает её старше по времени возникновения. Встречаются также варианты написания — Макрутинов, но это уже более поздняя, канцелярская переделка, когда к готовой фамилии приписывали лишний суффикс для «благозвучия». Истинная, историческая форма — именно Макрутин.