Фамилия Макутина происходит от прозвища Макута. Его основное значение связано с глаголом «макать» — окунать в жидкость и вынимать. Прозвище могло закрепиться за человеком по нескольким причинам. Например, за тем, кто любил макать блины или оладьи в масло, или за ремесленником, занятым вымачиванием льна, а также за мастером, изготавливавшим маканые свечи.

Есть и другая версия. В основе может лежать нецерковное имя Макута, образованное от слова «мак». Такие имена в старину выполняли охранительную функцию: считалось, что «маковое» имя убережёт ребёнка от сглаза или бедности. В словаре С. Б. Веселовского упомянут Макута Анфалов, крестьянин, живший в 1490 году на Белоозере. Это одно из ранних документальных подтверждений, что прозвище бытовало в северных русских землях.

Суффикс -ин в фамилии Макутина указывает на принадлежность: «чей?» — макутин, то есть сын или потомок Макуты. Такая модель образования типична для русских фамилий, особенно в среде крестьян и посадских людей. Фамилия распространена в центральных и северных областях России, что подтверждается и ранней записью на Белоозере.