Фамилия Маркутина — женская форма от Маркутин, и её разумнее всего разбирать, отталкиваясь от мужского варианта. В основе лежит имя Маркута — народная, обиходная форма крестильного имени Марк. В русской традиции такие сокращённые имена с суффиксом -ута (Маркута, Никута от Николай, Ванюта от Иван) были распространены в XV–XVII веках, особенно в северных и центральных землях. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей сын?» — Маркутин, то есть потомок Маркуты.

Имя Марк, от которого всё пошло, имеет латинские корни (Marcus, предположительно от Martius — «посвящённый Марсу» или от слова «молот»). Но к моменту появления фамилии это церковное имя давно обрусело и утратило связь с римским богом войны. Куда важнее, что Маркута — это не официальное, а домашнее, бытовое имя, которое давали ребёнку в семье, а не при крещении. Такие имена нередко становились прозвищами, а затем и фамилиями, закрепляясь за целым родом.

Географически фамилия Маркутин (и, соответственно, Маркутина) встречается преимущественно в центральных областях России, в Поволжье и на юге, в частности в Воронежской и Ростовской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми — дворянские роды с такой основой редки и, как правило, документированы отдельно. Фамилия не относится к числу частых, что делает её интересной для локальной истории.

Отдельного упоминания заслуживает вариант с ударением: в фамилии Маркутина ударение может падать как на второй слог (МаркУтина), так и на последний (МаркутинА). Первый вариант более традиционен для русских фамилий на -ин, второй часто встречается в южнорусских говорах или под влиянием украинской традиции. Разница в ударении не меняет смысла, но может указать на региональные корни конкретной семьи.