Фамилия Макутин — типичная русская фамилия, образованная от прозвища или нецерковного имени Макута. Её основа — древнерусский корень, связанный с двумя разными, но одинаково возможными значениями.

Первая и самая прямая версия связывает прозвище Макута с глаголом «макать» — «окунать, опускать в жидкость». Такое прозвище могли дать человеку по его привычке или занятию: любителю макать оладьи в сметану или масло, либо ремесленнику, который занимался вымачиванием льна или изготовлением маканых (восковых) свечей. Вторая версия рассматривает Макуту как нецерковное имя-оберег от слова «мак». Подобные имена (Макута, Маковей) в древности давали детям, чтобы «отвести» от них зло — считалось, что имя, означающее что-то малое или обыденное, делает ребёнка незаметным для недобрых сил.

В пользу древности этого прозвища говорит конкретная историческая запись: в 1490 году на Белоозере жил крестьянин Макута Анфалов. Этот факт из работ историка С. Б. Веселовского показывает, что прозвище бытовало ещё в XV веке в северных землях Руси.

Суффикс -ин в фамилии Макутин указывает на принадлежность: «сын Макуты» или «из семьи Макуты». Такую модель образования называют «посессивной» (притяжательной), и она характерна для фамилий, произошедших от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я (как Пушкин, Ильин, Головин). То, что фамилия закрепилась именно в этой форме, говорит о её давнем бытовании в среде крестьян и посадских людей, где такие патронимы становились наследственными раньше, чем в официальном делопроизводстве.

Точную географию и время появления фамилии Макутин в её современном виде установить сложно — процесс превращения прозвища в наследственную фамилию растянулся на несколько столетий. Однако само прозвище Макута, зафиксированное в XV веке, и характерный суффикс позволяют уверенно отнести фамилию к древнему пласту русских родовых имён, возникших не в среде духовенства или дворянства, а в народной среде — среди свободных крестьян или ремесленников Русского Севера.