Фамилия Макушины образована от имени или прозвища Макуша. В основе лежит народная, обиходная форма, которая могла возникнуть из нескольких источников. По одной версии, Макуша — это просторечный вариант христианских имён Мокей (от греческого «насмешник»), Максим («величайший») или Макар («блаженный, счастливый»). Такое сокращение было обычным для русской деревни: полное имя в быту укорачивали, добавляя суффикс -ш- (-уша), — так из Максима получался Макша или Макуша.

Есть и другая, чисто прозвищная версия. Слово «макушка» означает верхушку, вершину. Макушей могли прозвать человека высокого роста или того, кто занимал видное положение в общине — старосту, зажиточного крестьянина. Если принять эту гипотезу, фамилия Макушин — типичное «отпрозвищное» образование, каких много в русском ономастиконе.

Фамилия строится по простой модели: к основе Макуш- добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Макушин, то есть сын или потомок Макуши. Эта модель — одна из самых распространённых в северных и центральных русских землях, где фамилии на -ин (в отличие от южных на -ов) встречаются особенно часто.

Точное место и время появления фамилии Макушин назвать трудно: процесс закрепления фамилий в России растянулся на несколько столетий, с XV по XIX век. Однако ясно, что она относится к древнему пласту русских фамилий, возникших не из книжного, а из живого народного языка.