Фамилия Макушов — одна из тех, где на первый план выходит не прозвище, а имя. В её основе лежит имя Макуш, которое в народной речи было уменьшительной или просторечной формой сразу нескольких крестильных имён. Чаще всего так называли Мокея (от греческого «насмешник»), Максима («величайший») или Макара («блаженный, счастливый»). Выбор между ними зависит от местных традиций: в разных губерниях предпочитали сокращать по-своему, но все три имени были распространены на Руси.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с прозвищем Макуш от слова «макушка» — верхушка головы или чего-то возвышающегося. Такое прозвище мог получить человек высокого роста или с заметной, крупной макушкой. Однако в ономастике чаще опираются на именную основу, поскольку суффикс -ов типичен для фамилий, образованных от полных или сокращённых имён, а не от нарицательных существительных в чистом виде.

Словообразовательная модель проста: к основе Макуш добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Макушов). Такую фамилию получал сын или потомок человека по имени Макуш. В документах XVII–XVIII веков подобные формы встречаются в среде крестьян и посадских людей — именно они чаще всего использовали обиходные варианты церковных имён.

Стоит заметить, что фамилия Макушов — редкая. Она не входит в число массовых русских фамилий и не имеет ярко выраженной региональной привязки. Встречается разрозненно, что подтверждает её происхождение от личного имени, а не от широко распространённого прозвища или названия ремесла.