Фамилия Макушова — типичная русская фамилия, образованная от имени через суффикс -ов(-а). В её основе лежит имя Макуш. Это не церковное, а разговорная, обиходная форма сразу нескольких крестильных имён: Мокей (с греческого — «насмешник»), Максим (с латыни — «величайший») и Макар (с греческого — «блаженный, счастливый»). В народе такие сокращения были обычны: чтобы не произносить полное имя, его укорачивали до одного-двух слогов, добавляя ласкательный или просто удобный суффикс.

Словообразовательная модель проста: к основе Макуш- прибавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Макушов). Женская форма Макушова закрепилась за женой или дочерью Макуша. Такой способ образования — один из самых распространённых в русской ономастике, он охватывает подавляющее большинство фамилий центральной России и Поволжья.

Менее вероятна версия, что в основе лежит не имя, а прозвище Макуш от слова «макушка» — верхняя часть головы, темя. Прозвище могли дать человеку высокого роста, с заметной макушкой или по какой-то другой внешней примете. Однако, учитывая, что имя Макуш фиксируется в источниках как самостоятельное производное от канонических имён, версия с прозвищем уступает основной.

Социальный контекст: судя по распространённости модели и отсутствию дворянских корней (фамилия не оканчивается на -ский/-ской), предки Макушовых скорее всего относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Фамилия встречается в разных регионах, но чаще — в областях, где были сильны традиции народных форм имён: в Ярославской, Костромской, Нижегородской губерниях.

Однокоренные фамилии — Макушев, Макушин, Макушкин — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами (Макуш-ев, Макуш-ин, Макуш-к-ин). Макушова стоит в одном ряду с ними и не несёт дополнительных смысловых оттенков, кроме указания на родство через женскую линию.