Фамилия Макушева — отчество, образованное от имени Макуш. Это просторечная, бытовая форма сразу нескольких крестильных имён. Чаще всего так в быту называли Мокея (греческое «насмешник»), Максима (латинское «величайший») или Макара (греческое «блаженный, счастливый»). В русской ономастике такое явление называют «народной» или «разговорной» формой: в повседневной речи длинные церковные имена укорачивали, сокращая до одного-двух слогов.

По суффиксу -ев видно, что фамилия закрепилась в северных и центральных областях России, где отчества образовывали через -ев, а не через -ин. Человек с именем Макуш был, скорее всего, из рабочей или крестьянской среды — в дворянской и купеческой среде чаще использовали полные формы имён, а просторечные варианты оседали в среде крестьян, ремесленников и посадских людей.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию не с именем, а с прозвищем Макуш от слова «макушка» — верхняя часть головы. Такое прозвище мог получить человек с заметной лысиной, высоким ростом или, наоборот, привычкой стоять на возвышении. Но для фамилий на -ев более типична именно именная основа, поэтому версия с прозвищем уступает первой.

Сравните с однокоренными фамилиями: Макушев, Макушин, Макушов, Макушкин — все они ведут родословную от того же корня, но суффиксы указывают на разную географию и историю закрепления. Так, Макушева — форма женского рода, указывающая на принадлежность к роду Макушевых, и в старых документах могла писаться как «Макушева дочь» или «Макушева жена».