Фамилия Макушовы (в мужском роде — Макушов) образована от имени или прозвища, а не от географического названия или профессии. В основе лежит просторечная форма Макуш, которая могла возникнуть от нескольких христианских имён. Самые вероятные варианты — Мокей (в переводе с греческого — «насмешник»), Максим («величайший» с латыни) или Макар («блаженный, счастливый» по-гречески). В русской традиции укорачивать полные имена до двух-трёх слогов — обычное дело, так что Макуш звучало естественно для любого из этих имён.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Макуш, связанного со словом «макушка». В этом случае прозвище могло указывать на рост человека — высокий или, наоборот, невысокий, — либо на привычку или внешнюю особенность, например, торчащий вихор на макушке. Такие прозвища по частям тела встречаются в русской ономастике, но для фамилии Макушов эта версия уступает по убедительности именинной: слишком много имён дают форму Макуш.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: так называли потомка человека по имени или прозвищу. Макушов — буквально «сын Макуша» или «из рода Макуша». Точное место возникновения фамилии установить трудно: процесс закрепления фамилий на Руси растянулся на несколько столетий, и единого очага у таких распространённых моделей нет. Скорее всего, фамилия появилась в центральных или северных губерниях, где была сильна традиция усечённых имён.

Важно, что фамилия Макушов — не единичный случай. В русских фамилиях на -ов есть целый ряд похожих образований: Макушин (от той же основы, но с другим суффиксом), Макашов, Макушев. Разница в суффиксах (-ов, -ин, -ев) часто определялась местными говорами или сословной принадлежностью: например, в северных регионах предпочитали -ин, на юге и в центре — -ов. Макушовы, судя по форме, скорее выходцы из центральной России.

Никаких документальных свидетельств о знатности или принадлежности к определённому сословию у Макушовых нет. Фамилия одинаково могла закрепиться и за крестьянином, и за мещанином, и за служилым человеком. Единственное, что можно сказать с уверенностью: носители фамилии — потомки человека, которого в быту звали Макуш, и эта форма закрепилась за его детьми и внуками.