Основой фамилии Макушин послужило мирское имя Макуша. Макуша, по одной из версий, является просторечной формой христианских мужских имен Мокей (в переводе с греческого – «насмешник»), Максим (в переводе с латинского – «величайший»), Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»). Согласно другой гипотезе, Макуша употреблялось в качестве прозвища, образованного от нарицательного «макушка» - «вершина, верхушка». Поэтому Макушей могли называть рослого человека или того, кто занимает высокое положение в обществе. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Макуша, со временем получил фамилию Макушин.