Основой фамилии Макушев послужило церковное имя Мокей. Фамилия Макушев образована от имени Макуш, просторечной формы христианских мужских имен Мокей (в переводе с греческого – «насмешник»), Максим (в переводе с латинского – «величайший»), Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»). Менее вероятно, что фамилия Макушев происходит от прозвища Макуш, которое восходит к нарицательному «макушка». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Макуш, со временем получил фамилию Макушев.