Фамилия Макушенко — типичный образец украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках распространилась на Левобережной Украине. Суффикс -енко буквально означает «сын» или «потомок», поэтому Макушенко — это «сын Макуши». Вопрос в том, что скрывалось за этим личным именем или прозвищем.

Здесь есть несколько версий, и самая вероятная ведёт к крестильному имени. Макуша — это просторечная, народная форма сразу нескольких христианских имён: Мокей (от греческого «насмешник»), Максим («величайший») и Макар («блаженный, счастливый»). В быту, особенно в сельской среде, полные церковные имена часто усекали и переделывали на свой лад — так Мокей легко превращался в Макушу. Эта версия выглядит предпочтительнее, потому что опирается на массовую практику образования украинских фамилий от канонических имён.

Вторая гипотеза связывает прозвище Макуша с нарицательным «макушка» — вершина, верхушка. В таком случае прозвище могли дать рослому человеку, который возвышался над другими. Однако эта версия менее убедительна: прозвища по росту чаще образовывались от слов «долгий», «высокий», «великий», а «макушка» — это скорее часть тела, а не характеристика всего человека.

Есть и третья, более редкая версия — от украинского «макуха», то есть жмых, остатки после отжима масла. В переносном смысле макухой называли вялого, медлительного человека. Но и здесь связь менее прямая, чем с именем.

Таким образом, фамилия Макушенко, скорее всего, ведёт родословную от человека по имени Макуша — одного из тех, кто в документах числился Макаром, Максимом или Мокеем, а в жизни звался по-домашнему.