Фамилия Макушинский — одна из тех, где за благородным суффиксом -ский может скрываться совсем не дворянское происхождение. Вопреки распространённому мнению, этот суффикс в русских фамилиях не всегда указывает на шляхетское или княжеское сословие: в XIX веке его нередко получали выходцы из духовенства, а иногда и крестьяне, переселявшиеся в новые земли. В случае Макушинского, скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от имени или прозвища через типичный для восточнославянской ономастики суффикс принадлежности.

Основа фамилии — Макуша. Здесь есть две основные версии происхождения, и первая выглядит убедительнее. Макуша могла быть просторечной, обиходной формой церковных имён: Мокей (от греческого «насмешник»), Максим (от латинского «величайший») или Макар (от греческого «блаженный, счастливый»). В крестьянской и рабочей среде, откуда, вероятно, и пошёл род Макушинских, такие сокращения были нормой: длинные календарные имена укорачивали до одного-двух слогов для удобства в быту. Так Александр превращался в Сашу, а Макар — в Макушу.

Вторая гипотеза связывает прозвище Макуша с нарицательным «макушка» — вершина, верхушка. В этом случае прозвище могли дать рослому, высокому человеку, которого было видно «с макушки». Однако эта версия менее вероятна: прозвища по внешнему признаку обычно образовывались напрямую (например, «Верзила»), а не через уменьшительно-ласкательную форму, которая характерна скорее для имён.

Таким образом, фамилия Макушинский означает «потомок Макуши». Типичная модель: к основе Макуш- добавился суффикс -ин-, указывающий на принадлежность (чей? — Макушин), а затем фамилию «одворянили» окончанием -ский, что в XIX веке часто делали при переписях или при переходе в другое сословие. Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, что косвенно подтверждает её крестьянские корни.