Фамилия Махутины образована от личного прозвища Махута, и в этом она типична для русского именования, где прозвища отцов становились фамилиями детей. Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе «Махут-» добавили типичный русский суффикс принадлежности «-ин», который отвечает на вопрос «чей?» и указывает на прямого потомка. Такого рода фамилии на «-ин» чаще всего встречались в северных и центральных областях России, где они были не менее распространены, чем фамилии на «-ов».

Сам корень «Махут-» — загадка, и единого мнения о его происхождении нет. Самая неожиданная версия возводит его к ивритскому слову «махут», что переводится как «суть». Если следовать этой гипотезе, то прозвище Махута мог получить человек рассудительный и степенный, который старался докопаться до самой сути вещей. Версия экзотическая, но в истории русских прозвищ встречались и более странные заимствования, поэтому полностью сбрасывать её со счетов нельзя.

Более правдоподобной выглядит тюркская версия. В турецком языке есть слово «mahut», которое означает «пресловутый», то есть человек, приобретший печальную известность или дурную репутацию. В этом случае прозвище Махута могло закрепиться за тем, кто стал знаменит благодаря не самому хорошему поступку. Такое прозвище могло быть ироничным или предостерегающим, и оно вполне вписывается в традицию давать людям характеристики, отражающие их поведение или общественное мнение о них.

Менее убедительной выглядит связь с эстонским словом «mahutus» — «вместительный». Сторонники этой версии предполагают, что Махутой могли назвать полного, крупного человека. Однако географически такое заимствование маловероятно для большинства русских регионов, где фамилия встречается, поэтому эта гипотеза кажется самой слабой из всех.

Сложно сказать, какая из версий точнее, но тюркская выглядит предпочтительнее хотя бы потому, что контакты русских с тюркскими народами на протяжении веков были гораздо интенсивнее, чем с эстонским языком. О точном месте и времени возникновения фамилии Махутин говорить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и прозвище могло закрепиться в разных местах независимо друг от друга. Тем не менее, фамилия Махутин — это живой памятник языка, в котором, как в капле воды, отразилась история межэтнических контактов и народной наблюдательности.