Фамилия Махутин образована от прозвища Махута через типичную для русских фамилий модель притяжательного прилагательного: суффикс -ин указывает на принадлежность «сыну Махуты» или «человеку из семьи Махуты». Само прозвище не имеет однозначного объяснения, и здесь открывается простор для версий — от вполне правдоподобных до экзотических.

Наиболее интересная гипотеза возводит прозвище к ивритскому слову «махут» — «суть». Если следовать этой версии, Махутой называли человека вдумчивого, рассудительного, который старался докопаться до сути вещей. Такое прозвище могло закрепиться за степенным главой семьи или уважаемым односельчанином. Версия привлекательна, но требует допущения о бытовании еврейских или арамейских заимствований в русской среде, что для большинства регионов маловероятно.

Более органично для восточнославянской почвы звучит турецкое слово mahut — «пресловутый». В этом значении прозвище несло явно неодобрительный оттенок: так могли назвать человека, получившего дурную славу, совершившего поступок, о котором судачила вся округа. Подобные прозвища-характеристики встречаются в русской ономастике сплошь и рядом, поэтому эта версия выглядит предпочтительнее: она объясняет, почему прозвище вообще возникло и закрепилось.

Менее убедительна связь с эстонским mahutus — «вместительный». Сторонники этой версии предполагают, что Махутой дразнили полного, крупного человека. Но эстонские заимствования в русских прозвищах редки и привязаны к узкому ареалу — северо-западу, где контакты с прибалтийско-финским населением были интенсивными. Для фамилии, распространенной шире, такое объяснение остается маргинальным.

Скорее всего, перед нами прозвище по характеру или репутации, а не по внешности. Судя по словообразовательной модели, фамилия сложилась не позднее XVII века, когда прозвища активно переходили в наследственные именования. Потомок человека по прозвищу Махута со временем стал писаться Махутиным, и эта форма закрепилась за его родом. Точных сведений о сословной принадлежности первых Махутиных нет, но преобладание подобных моделей среди крестьянства и посадских людей позволяет предположить, что род был незнатным, однако это лишь догадка, а не установленный факт.