Фамилия Махутов — редкий пример того, как за привычным русским окончанием может скрываться сразу несколько совершенно разных языковых традиций. Образовали её от личного прозвища Махута по стандартной для восточнославянских земель модели: к основе добавили притяжательный суффикс -ов, который указывал на принадлежность «сын Махуты». Со временем форма притяжательного прилагательного закрепилась как родовое имя, и потомки человека с таким прозвищем стали Махутовыми.

Сложность в том, что само прозвище Махута не имеет однозначного объяснения, и здесь открывается простор для версий. Наиболее экзотическая гипотеза возводит его к ивритскому слову «махут» — «суть». Если принять эту версию, то прозвище могло характеризовать человека вдумчивого, рассудительного, который старался докопаться до сути вещей. Однако такая трактовка лингвистически уязвима: ивритские заимствования в русские прозвища проникали крайне редко, обычно через посредство торговых или религиозных контактов, и для крестьянской среды это маловероятно.

Куда убедительнее выглядит турецкая версия. В тюркских языках есть слово mahut — «пресловутый», то есть получивший известность, причем не всегда хорошую. В этом значении Махутой могли назвать человека, прославившегося сомнительным поступком или имевшего дурную репутацию. Такая модель прозвищ — от оценки поведения — типична для русской антропонимии, поэтому версия выглядит правдоподобной. Менее вероятна связь с эстонским mahutus — «вместительный». Тогда прозвище могло бы указывать на полноту, но эстонское влияние на русские фамилии ограничено географически и исторически, что делает эту гипотезу скорее курьёзом.

Сам суффикс -ут- в основе Махута встречается в русских именах и прозвищах, но не частотен. Он придаёт слову фамильярный, уменьшительно-оценочный оттенок, что типично для прозвищ, образованных от глаголов или прилагательных. Возможно, перед нами не заимствование, а местное образование от глагола «махать» или от диалектного слова, но убедительных подтверждений этому нет.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на столетия, а письменные источники по такой редкой фамилии скудны. Можно лишь предположить, что фамилия оформилась не раньше XVI–XVII веков, когда прозвищные имена начали закрепляться за потомками. Несмотря на неясность корня, фамилия Махутов остаётся любопытным памятником ономастики, где в одной словоформе сошлись следы тюркского влияния и русской словообразовательной традиции.