Фамилия Махутова образована от прозвища Махута, которое досталось родоначальнику. Точное значение этого прозвища установить сложно, но есть несколько версий, и самая содержательная из них ведет к слову «махут» с иврита, означающему «суть». Если придерживаться этой гипотезы, то Махутой называли человека рассудительного и степенного, который привык доходить до самой сути вещей и во всем старался разобраться.

Не менее правдоподобна версия о турецком происхождении прозвища. Турецкое слово mahut переводится как «пресловутый», то есть «приобретший печальную известность, пользующийся дурной славой». В таком случае прозвище Махута закреплялось за человеком, который стал знаменит не слишком хорошим поступком. Эта версия выглядит даже более жизненной: прозвища, данные по негативным качествам или событиям, в народной среде встречались чаще, чем нейтральные или хвалебные.

Менее вероятна связь прозвища с эстонским словом mahutus — «вместительный». Тогда Махутой могли прозвать полного, грузного человека. Гипотеза слабая прежде всего потому, что эстонское влияние на русские прозвища в центральных регионах России было минимальным, а фамилия Махутова встречается в разных областях, не тяготея к Прибалтике.

Словообразовательная модель проста: к прозвищу Махута добавили типичный русский суффикс -ов, а затем и окончание -а, указывающее на женскую линию рода. Так потомки человека с прозвищем Махута стали Махутовыми. По мужской линии фамилия звучит как Махутов. Встречаются и родственные фамилии — Махутовский, Махуткин, образованные от того же корня, но с другими суффиксами.

Прозвища на -ута вообще редки и выразительны: они придавали имени оттенок простонародности и одновременно ласкательности. Если Махута действительно происходил из среды, где ценили способность докопаться до сути, то родоначальник мог быть крестьянином или посадским человеком, которого уважали за ум и обстоятельность. Однако не исключено, что прозвище прилипло к нему после какого-то скандального случая — и тогда характер у предка был совсем иной.