Фамилия Мархутова — женская форма, а её мужской вариант Мархутов — довольно редкая русская фамилия, которая почти наверняка имеет тюркские корни. В основе лежит личное имя или прозвище Мархут (Мархут), которое восходит к тюркскому слову «мархут» или «маргут». В ряде тюркских языков (например, в татарском, башкирском, казахском) это слово означает «жемчуг» или «драгоценный камень». Таким образом, прозвище Мархут могли дать человеку, которого ценили как нечто редкое и дорогое, либо же оно было связано с профессией ювелира или торговца украшениями.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «Мархутов», то есть сын или потомок человека по имени Мархут. В среде татарских и башкирских мурз, а также в среде служилых людей, переходивших на русскую службу, такие фамилии часто возникали при оформлении документов в XVI–XVII веках. Фамилия могла закрепиться за крещёными татарами или башкирами, которые получали русские фамилии по имени отца.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с диалектным словом «мархут» или «морхут» — так в некоторых русских говорах (особенно на юге и в Сибири) называли неопрятного, растрёпанного человека или неряху. Слово происходит от глагола «мархатить» — пачкать, грязнить. В этом случае прозвище Мархут могло быть ироничным или описательным, но вероятность такого происхождения ниже, так как фамилия явно несёт тюркский фонетический отпечаток.

Географически фамилия Мархутов встречается в Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Самарская, Оренбургская области) и на Урале, что подтверждает её связь с тюркским миром. Также единичные носители есть в Сибири и на Дону, куда фамилия могла попасть с переселенцами. Известных исторических деятелей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что говорит о её локальном бытовании и относительно позднем закреплении в русском ономастиконе.

В целом, Мархутова — фамилия, которая с большой долей вероятности указывает на тюркские корни предков: либо по имени-прозвищу со значением «жемчуг», либо по роду занятий, связанному с драгоценностями.