Фамилия Мархутов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, скорее всего, не связана с распространёнными русскими корнями, а указывает на западное или южное влияние.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ов, типичный для русских фамилий, присоединён к основе «Мархут». Сама основа — это, вероятнее всего, адаптированная форма личного имени или прозвища. Наиболее правдоподобная версия возводит её к польскому или украинскому имени Мархут, которое является народной формой католического имени Марк (Markut). В польском языке уменьшительно-ласкательные формы часто оканчиваются на -ут, -усь: Маркут, Мархусь. Отсюда — Мархут, то есть «маленький Марк» или «Марк, наш».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «мархутка» (в некоторых южнорусских говорах — «морковь»). В таком случае прозвище Мархут мог получить огородник или торговец овощами. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «мархутка» — локальное и редкое, а фамилия с основой «Мархут» встречается не только в южных регионах, но и на западе бывшей Российской империи.

География фамилии также подсказывает направление поиска. Мархутовы чаще всего встречаются на юге России и Украины, а также в Поволжье, куда переселенцы из западных губерний приносили свои фамилии. Это косвенно подтверждает версию о польско-украинском корне.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия Мархутов не рассматривается отдельно, но модель образования от уменьшительных форм имён (типа Маркут → Мархутов) описана как типовая для фамилий, возникших в зоне польско-русского культурного пограничья.

Таким образом, носитель фамилии Мархутов, вероятнее всего, ведёт род от человека по имени Марк, которого в быту звали уменьшительно Мархут. Это не ремесленная и не сословная фамилия, а чисто «именная», указывающая на предка-основателя, а не на его занятие.