Фамилия Махутов образована от прозвища Махута, и в её основе лежит не имя, а слово, которое могло иметь несколько значений. Самая правдоподобная версия связывает прозвище с турецким словом mahut — «пресловутый», то есть «приобретший печальную известность, пользующийся дурной славой». В таком случае Махутой называли человека, который стал знаменит благодаря не очень хорошему поступку. Это объяснение выглядит убедительнее остальных, поскольку тюркские заимствования в русских прозвищах встречаются часто, особенно в южных регионах и Поволжье.

Согласно другой версии, прозвище восходит к ивритскому слову «махут» — «суть». Тогда основатель рода Махутовых был рассудительным, степенным человеком, который старался во всём разобраться и докопаться до сути. Эта гипотеза менее вероятна, но не лишена оснований: через торговые и культурные связи слово могло попасть в обиход.

Менее вероятна связь прозвища с эстонским словом mahutus — «вместительный». В этом случае Махутой могли прозвать полного человека. Но эта версия выглядит натянутой: эстонское влияние на русскую антропонимию было ограниченным, и такое прозвище вряд ли прижилось бы вдали от Прибалтики.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную русскую модель образования от прозвищ отца: Махута → Махутов, то есть «сын Махуты». Фамилия закрепилась за потомками человека, обладавшего этим прозвищем, и со временем стала наследственной.

Итог: скорее всего, прозвище Махута носило оценочный характер, и предок Махутовых либо прославился недобрым делом, либо, наоборот, выделялся глубиной суждений. Точное значение утрачено, но обе версии дают представление о характере человека, от которого пошёл род.