Фамилия Масхутов — один из тех случаев, когда внешне привычный русский суффикс -ов скрывает основу, уходящую корнями в тюркскую и арабо-мусульманскую культуру. Вопреки возможному предположению, она не связана с русским словом «масхат» или диалектным «масхатник» (так в некоторых говорах называли ленивого или неряшливого человека). Основа здесь — личное мужское имя Масхут, которое имеет арабское происхождение и восходит к корню «с-х-б» (сопровождать, быть спутником). В классическом арабском «масхуб» означает «сопровождаемый», «тот, за кем следуют», но со временем в тюркских языках форма трансформировалась в Масхут, а значение сместилось в сторону «счастливый», «удачливый» — как человек, которого сопровождает удача.

Словообразовательная модель типична для региона Поволжья и Урала: к тюркскому или арабо-тюркскому имени прибавили русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Масхутов — это «сын Масхута». Фамилия могла оформиться в среде татар, башкир или других тюркских народов, принявших русскую модель фамилии в XIX веке при переписях и паспортизации. Интересно, что имя Масхут не было широко распространено, что делает фамилию относительно редкой и географически локализованной.

Если посмотреть на ареал бытования, то Масхутовы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. В дореволюционной России носители такой фамилии относились преимущественно к сословию государственных крестьян или тептярей (сословная группа в Башкирии, состоявшая из татар, марийцев, удмуртов и чувашей). Дворянской ветви у Масхутовых не было — фамилия сугубо народная, крестьянско-мещанская.

Спорных версий у фамилии немного. Изредка её ошибочно сближают с арабским «масджар» (источник) или пытаются вывести из персидского «масхат» (черновик, набросок), но эти гипотезы лингвистически несостоятельны: суффикс -ут характерен именно для тюркской адаптации арабских имен. Правдоподобнее всего связь с именем Масхут, которое в свою очередь родственно более известному имени Масгут (оба из одного корня). Встречаются варианты написания: Масхутов и, реже, Масхутовъ (до реформы орфографии). Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Масхутов, хотя в татарской среде возможен вариант с ударением на последний слог.