Фамилия Махнутин образована от прозвища Махнута. Оно ведет свое начало от украинского глагола «махнути» со значением «звать, призывать кого-либо знаком», а также «делать скоро, спешно». Вероятно, Махнутой прозвали либо приветливого, либо расторопного, бойкого, проворного человека. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Махнутин лежит имя Махнута, производная форма одного из мужских крестильных имен: Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»), Матвей (древнееврейское, «дарованный Богом») или Епимах (греческое, «помогающий в сражении»). Так и прозвище Махнута закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Махнутин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Махнута, со временем получил фамилию Махнутин.