Фамилия Махнутин — самобытный памятник славянской культуры, и её происхождение уходит корнями в прозвище Махнута. В основе лежит украинский глагол «махнути», который имел два значения: «звать, призывать кого-либо знаком» и «делать скоро, спешно». Отсюда и две версии характера первого носителя прозвища: либо это был приветливый человек, который охотно подзывал к себе людей, либо расторопный и проворный, всё делавший быстро и споро.

Впрочем, есть и другая гипотеза, более редкая. Согласно ей, Махнута — это производная форма одного из мужских крестильных имён. Здесь возможны сразу три варианта основы: Макар (с греческого — «блаженный, счастливый»), Матвей (древнееврейское — «дарованный Богом») или Епимах (греческое — «помогающий в сражении»). В народной среде такие имена часто сокращали до коротких и удобных в быту форм, которые затем закреплялись как самостоятельные прозвища. Так Махнута могло стать тем самым именованием, которое человек носил всю жизнь, а его потомки уже получили фамилию по отцу — Махнутины.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Махнутин буквально означает «сын Махнуты». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а или -я. Подобным образом возникли, например, фамилии от имён Гаврила или Микула.

Обратим внимание и на сам глагол «махнути»: он родственен русскому «махнуть», но в украинском языке приобрёл более широкий спектр значений, включая и «приглашать жестом». Это делает версию о приветливом предке вполне правдоподобной — прозвище могло отражать манеру человека общаться, его открытость и общительность.

Безусловно, фамилия Махнутин представляет собой замечательный памятник славянской культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Махнутин можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.