Фамилия Малутин — редкий случай, когда очевидная на первый взгляд основа оказывается не единственной версией. Большинство носителей, услышав фамилию, сразу подумают о прилагательном «малый»: маленький, невысокий, младший. Действительно, прозвище Малута (уменьшительная форма от «малый») давали младшему сыну или невысокому человеку. От этого прозвища образована фамилия Малутин через патронимический суффикс -ин, который в русской традиции указывал на принадлежность: «чей сын?» — Малутин, то есть сын Малуты.

Однако здесь есть важный нюанс. В древнерусском языке слово «малута» могло быть и ласкательным обращением к ребёнку, и даже именем собственным. В истории известен опричник Ивана Грозного Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский, вошедший в летописи под прозвищем Малюта. Его имя стало нарицательным, но к фамилии Малутин прямого отношения не имеет: прозвище «Малюта» — это тоже производное от «малый», но с другим суффиксом (-ют-).

Вторая, менее распространённая версия выводит фамилию из календарного имени Малута как народной формы от Малахия или Малха. В этом случае основа — не прозвище, а крестильное имя, которое в быту сократили до Малуты. Для центральных и южнорусских областей такая модель типична: из полного церковного имени делали обиходный вариант, а от него уже образовывали фамилию.

Географически фамилия Малутин встречается нечасто, с заметным пятном в Воронежской и Рязанской областях, а также на юге Урала. Это указывает на позднее закрепление фамилии — в XVII–XVIII веках, когда крестьяне получали фамилии по отцу. Сословно это, скорее всего, крестьянский или однодвореческий род.

По суффиксу -ин легко отличить Малутина от однокоренных Малутов, Малушевых и Малыгиных. Все они восходят к одному корню, но разные суффиксы (-ут-, -уш-, -ыг-) указывают на разные диалектные варианты прозвища. Малутин — самая прямая и прозрачная форма: «сын того, кого звали Малутой».